Прошу прощения, но проблема как оказалась в другом.
Как проверить, что in.cgi от at3 выполняется правильно?
В консоли
./in.cgi > out.log
и выдает одну строку "Content-type: text/html"
Ну и конечно при инклуде in.cgi ничего не выводит.
Видимо этому in.cgi нужно на входе что-то иметь, чтобы хотя бы стандартный яваскрипты выводить. Либо с самой cgi-шкой что-то не так..