первое что пришло в голову это включить нужные или исключить не нужные
ну так-то я сделал в первую очередь.
что интересно, до версии 2.1. там был таг wp_list_cats и у него был атрибут children, как я понимаю это дело отрубающий.
а в wp_list_categories такого уже нет...