Помогите - блокировка файлов в PHP

В PHP какую блокирувку на файл не ставь (LOCK_SH или LOCK_EX), всё равно файл во время блокировки можно очистить вызвав с другого скрипта fopen( * , 'w' ). Фроде как блокировка запретит запись данных в файл, но создать этот файл пустым не запрещает.

Как это обойти?

никак не обойти.
даже 2 вызова файла с блокировками могут друг друга перезаписать.
Как вариант делать запись через временные файлы