С flash fxp у меня такая трабла, выбираю binary mode, он продолжает гнать в ascii режиме и наоборт, пока не перегружу программу. В режиме авто он иногда неправильно распознает, в частности заливал мне пустые текстовые файлы в бинаре. А так вроде не плох.