У меня на сервере вебалайзер прикручен через плеск, если эта информация поможет ситуацию решить.
Поищи в /home/httpd/vhosts/domainname.com/conf/ или /var/www/vhosts/domainname.com/conf/ - короче это тот каталог, который при заходе по ФТП виден как conf, но доступа по ФТП к нему обычно нет.
А вообще есть такая команда locate. locate webalizer.conf и вам находит все конфиги вебалайзера вместе с путями