Даже при добавлении новых категорий, и последующем добавлении новых форм в базу - майти-сабмитер почему-то автоматически распознает только встроенные категории, а добавленные пользователем не распознает, приходится назначать вручную.
Посмотри Tools -> Settings -> Category detection... Возможно ты там найдёшь что-нибудь новое для себя А насчёт полей нестандартных - читай в мануале про Custom rules. Это большая и наворочанная хрень