Стоит ли работать с этим доменом или взять новый

Стоит ли работать с доменом которому больше 7 лет, но при этом в Google и Яндекс помечен как есть вирусы и нет индексации?

Если индекс в поисковиках есть, то стОит или даже стоИт!

Перед принятием решения рекомендую провести детальный аудит домена: проверить его историю в сервисах, таких как Wayback Machine, поищите его текущее состояние с помощью инструментов для SEO, а также проанализируйте возможные риски.

Ну, да, наличие бэков было бы еще неплохо проверить.