Мысль такая - на оба сайта ставишь третий домен, и уж им регистрируешь куку с идентификатором пользователя, после чего передаешь идентификатор запрашиваемому скрипту.
Понимаешь, cherchell2010 написал для 2х сайтов, но не уточнил как они размещены.
Например, если сайты размещены на поддоменах одного домена, то такие куки можно по идее сделать. Если погуглить находятся ответы как это работает:
http://qaru.site/questions/30865/share-cookie-between-subdomain-and-domain
