Smartspots - Считает клики, показы, один код можно использовать на всех сайтах. отключать баннеры с низким CTR только вручную. очень неудобный интерфейс. работает шустро. http://www.smart-scripts.com/?action=smartspots
Насчет автоматического отключения баннеров с низким CTR не уверен, но для задачи подойдут:
