Разные продукты.
В первом, если работал, то должен знать про встроеный трейд скрипт + генератор галерей на собственном темплейте. Во втором только ротатор.
Из прееимуществ SmartThumbs - низкая ресурсоёмкость.
Когда-то давно на Smart Thumbs было пару тройку tgp сайтов ... после того как сделал пару тройку монст cj/tube сайтов на SmartCJ (и проанализировав возможности этого скрипта) - желания возвращаться к Smart Thumbs нет.
Если хотите просто пиксовые или мувисные простенькие сайты сделать - пойдет конечно и Smart Thumbs (ротирует он тумбы нормально, + какой-то ATL для трейда взять) - но если вы решите сделать серъезный сайт включая социальные аспекты и т.д., то конечно только SmartCJ (но вам потребуеться гуру по SmartCJ, который сможет реализовать то что этот скрипт умеет).