в папке.
что такого в cpanel может быть настроено, чтобы файлы с расширением php не отдавались? Другие расширения работают как надо. Права стоят нужные
1. .htaccess работает рекурсивно, т.е. он может быть в любой дире выше нужного уровня
2. а какие правила стоят во всех конфигах апача?
3. если стоит nginx, то и его не плохо проверить