1) Как ось хранит симлинк?
2) Он остаётся после хардовой перезагрузки сервера?
3) Как не забыть симлинки при перетаскивании сайтов? Есть какие-то современные способы\методы для этого. Может создать в корне файлик типа _run_me_first_when_transfer_site.php:
1) Хранится в виде файла в котором содержится указатель на файл
2) Остается
3) rsync -avH /home/admin/site.ru username@ip:/home/admin/ засинкает папку с сайтом и симлинки что есть в папке сайта.