Можно как-то при помощи тоталлкоммандера или каком-либо ФТП менеджере сравнить директорию на сервере и локальной машине. Что подразумевается под сравнить:
- состав и наличие всех вложеных директорий и файлов.
- совпадают ли размеры файлов.
Знаю, что FileZilla умеет докачивать и заменять только те файлы, у которых отличается размер. Но в данном случае нужно только узнать, что именно отличается.