Предположим есть .mp4 H.264 (AVC) файлы с 1920x1080 разрешением. Битрейт в среднем 13000 - 15000 кбит.
По сути необходимо просто наложить ватрмак, не потеряв или не попортив при этом имеющееся качество, которое при данном битрейте и так уже на пределе.
Ватермарк накладывается таким способом: -vf "/watermark.png [wm];[in][wm] overlay=0:0:1 [out]"
Как я понимаю, может быть 2 способа, либо использовать сомнительный "-sameq" параметр, который не во всех документациях есть, либо пресет типа libx264-lossless_max примерно с тем же битрейтом или "-crf 1".