License key - должен быть один, а domain key кей генерится для каждого домена и соответсвенно указывается в настройках. Так же не забудь для каждого Domain www directory: указать.
не понял в чем суть вопроса ...
в ST на основных доменах два ключа licence & domain key
на чилдах domain key
так вот когда количество доменов чилд меняется, тогда и licence ключ меняется также, типа добавил новый чилд и нужно обновить кей основного домена ... можно сразу 4 чилда добавить пустых, чтоб потом не обновлять и по мере надобности менять название доменов на них