в папках cgi-bin/at3/l/in/ и cgi-bin/at3/l/out/ должно быть по 1,5к файлов, в них стата за последние 25 часов. каждую минуту появляется новый файл, и соотвественно стирается старый 25 часовой давности.
Занимается этим крон судя по всему. вот в эту сторону и надо смотреть.
ну и проверить пермишены на папки на всякий случай.