Если все в SWF перегонять, то само видео будет засунуто в SWF и что бы его посмотреть пользователю, надо скачать весь файл с сервака при загрузки странице, что не есть хорошо. Так что я думаю что скорее всего надо перегонять в FLV...
Но в любом случаи, с помшью VideoCharge Studio можно перегать как в SWF так и в FLV... правда она не фришна, но для разовой акции вполне можно поиспользовать и триал :-)
Оффтопик: Постинг ссылок разрешен только по достижению 30 постингов или 30 дней с момента регистрации
Вы можете попробовать другой Appgeeker video converter
Windows и Mac компьютеров в наличии.