Пробовала ffmpeg и mencoder. Mencoder-ом смогла все же сконвертировать видео со звуком, но звук там очень сильно опережает картинку. С параметрами со всякими пробовала - безрезультатно.
для менкодера основной mencoder видео.wmv -ffourcc FLV1 -of lavf -ovc lavc -lavcopts vcodec=flv:acodec=mp3:abitrate=56 -srate 22050 -oac mp3lame -o видео.flv -lavfopts i_certify_that_my_video_stream_does_not_use_b_frames -endpos , но пробовала не только с этими