весьма маловероятно что бага в протоне, скорее всего через другие скрипты поправили шаблоны топов протоновских.
протон конечно не супер-скрипт, но с защитой у него всё Ок (IMHO), в крайнем случае создадуться мусорные файлики в /proton/stats/ директории, но они никак не влияют на безопасность домена/сервера.
http://soft-com.biz/ - Администрирование серверов, 24/7 тех.поддержка и мониторинг.