Я думаю, там надо поиграться с директорией. CWD при работе смарти - директрия шаблонов. Из нее надо исходить. Например, чтобы заинклудить корневой файл domain.com/load_nav.php из директории шаблонов domain.com/templates/, нужно написать
{include_php file='../load_nav.php'}
Чтобы заинклудить файл domain.com/some/dir/load_nav.php