Либо с самим мплеером идет mencoder им можно конвертить, хотя если с помощью пхп скрптов то они работаю с ffmpeg-php. Качнуть тут можно ffmpeg-php.sourceforge.net
хоть написал бы под что конвертер надо.. серверный есть у авторов смарттумбс за $200, десктопных - куча вариантов всяких начиная с videocharge. ну и ffmpeg конечно если оболочки не нужны и сумеешь его заставить на всех клипах нормально звук конвертировать
ffmpeg-php сам ниче некодит, это просто API в пхп под ffmpeg, юзать его крайне несоветую, токо чтоб вкомпилить в пхп если неповезет можна 2 дня протрахатся. Лучше кодить самим бинарем а еще лучше mencoder'ом. А скрипты, так сказать обертки этих кодеров которые парят за 200 баксов смысла покупать имхо нету.
