Сам хамелеон не юзаю, но в адаме во вкладке GENERATION в окне GROUPS OF RECIPS есть чекбокс First Group in Root Directory. Я ставлю там галочку, и все делает корректно. Только пути на банеры и майн приходится переписывать (убирать "../"). При этом сам майн для генератора делаю не в корне, а в поддиректории, потом переношу его в корень, и только после генерации переделываю корневой майн.
Может это тебе чем то поможет, по аналогии
