Нет там ничего прописывать не нужно везде нужно ставить <?php virtual ("ssi_in.php");?>, лишнего не учтется. Кстати правильно именно virtual, а не include
Не знаю в чем конкретное отличие. Но для протона и прогреса в некоторых случаях, на некоторых хостах <?php include работает, а в некоторых нифига. И в мануалах у них сказано, что надо использовать virtual - значит смысл какой-то есть...