VirtualDubMod (фильтр logo) может на mpeg делать, но wmv вроде не поддерживает, т.к. напряги с мелкософтом у них были с форматами asf...
вставлять вотер на вроде wmv windows movie maker умеет делать
watermark master от http://www.videocharge.com/ 20 дней триал - удобная прога, после нехитрых манипуляций с реестром винды - триал продолжается ;)
манипуляций нужно гораздо меньше чем в виртуалдуб.
Camtasia Studio заюзай. Сразу и обрезать спереди\сзади ролик можно и приблизить фрагмент и скрины\надписи\ватермарки\музон добавить и тут же в кучу форматов перегнать. Триал 30 дней на виртуалке бесконечный.