Учитываются ли ссылки на странице как полноценные, если ...

они вставляются посредством:
<script src="http://domain/scripts/plugin_ads.js.php?ad_id=2848" type="text/JavaScript"></script>
скрипт отдает JS который в свою очередь использует document.write

и аналогичный вопрос для iframe - тут просто цепляется страница и все.

других способов поместить содержимое страницы другого домена не используя серверного языка я не знаю

ссылки на яве учитываются это точно
но думаю не как полноценные, а по какому-то другому алгоритму
p.s. хотя с другого домена не знаю, я про внутренние ссылки на яве, не внимательно прочел первый пост

Даже ссылки через Ajax уже индексируют, или вот-вот.

Поисковики ориентируются на пользователей со старыми браузерами или отключённым Javascript. Так что, ссылки будут иметь меньший вес.

По ифреймам: http://www.google.com/support/webmasters/bin/answer.py?hl=en&answer=34445
Т.е. может посчитать частью страницы, а может и не.